Bătălia pentru Pământ tocmai s-a încheiat, însă bătălia pentru Univers abia a început. După reîntoarcerea pe Cybertron, Starscream preia controlul asupra Decepticonilor şi este hotărât să se întoarcă pe Terra cu forţe crescute. Autoboţii, convinşi că pacea este posibilă, află că rămăşiţele lui Megatron au fost furate de la Armata SUA şi că Decepticonii încearcă să-l readucă la viaţă. Cu Megatron la fel de puternic ca la început şi ajutat de Starscream şi noi membri ai grupului Decepticonilor, Autoboţii pot avea mari bătăi de cap în încercarea de a proteja libertatea.