La un an distanţă de bătălia pe care au purtat-o cu Shredder şi Eric Sacks a fost trimis la închisoare, Ţestoasele Ninja încă îşi trăiesc viaţa în secret, permiţând ca Vern Fenwick să preia meritele înfrângerii lui Shredder. În timp ce prizonierul este transferat către o altă închisoare de Casey Jones (Stephen Amell), Clanul său – condus acum de Baxter Stockman – atacă maşina care-l transportă şi încearcă să-l elibereze. Primind un pont din partea lui April O’Neil (Megan Fox), Ţestoasele intervin prompt.