Ethan Hunt şi noua echipă se află într-o cursă contra cronometru pentru a-l prinde pe Hendricks, un terorist care a pus mâna pe nişte coduri de acces ale unor focoase nucleare ruseşti şi plănuieşte să le detoneze în Statele Unite ale Americii. O încercare a echipei de a-l prinde pe terorist la Kremlin se sfârşeşte cu un adevărat dezastru. Kremlinul este afectat serios de o explozie puternică, iar IMF este implicat direct în această întâmplare şi din această cauză preşedintele invocă „Protocolul Fantomă”, ceea ce înseamnă că echipa IMF este practic inexistentă şi nu li se va oferi niciun fel de ajutor pentru a se reîntoarce acasă. Fără să se lase intimidaţi de acest lucru, Ethan şi echipa lui îl urmăresc pe Hendricks până în Dubai, iar de acolo către Mumbai, dar cu toate acestea eforturile lor s-ar putea să fie în zadar şi dezastrul să nu poată fi oprit.