În 1999, centrala nucleară Janjira a fost distrusă de un incident misterios şi s-au pierdut multe vieţi inclusiv colegii și soția supervizorului Joe Brody, Sandra. Ani mai tarziu, fiul lui Joe, Ford, un locotenent al US Navy a cărui specializare o reprezintă dezamorsarea bombelor, trebuie să meargă în Japonia pentru a-şi ajuta tatăl înstrăinat să găsească răspusurile pe care le caută în mod obsesiv referitor la incidentul în care şi-a pierdut soţia. În acest timp, tatăl și fiul descoperă secretul dezastrului chiar de la locul dărâmăturilor centralei. Acest lucru le permite să asiste la retrezirea la viaţă a unei amenințării teribile pentru întreaga umanitate, iar acest lucru devine tot mai rău atunci când un al doilea monstru prinde viaţă în altă parte. În acest cataclism, singura speranță pentru omenire poate fi Godzilla, dar provocarea pentru regele monstrilor nu va fi una uşoară.